key:article.publicationhighlight Tiago Antunes-Lopes, Luis Vale, Ana Margarida Coelho, Carlos Silva, Malte Rieken, Bogdan Geavlete, Tina Rashid, Sajjad M. Rahnama, Jean Nicolas Cornu, Tom Marcelissen Groupe de travail sur l’urologie fonctionnelle des jeunes urologues universitaires de l’EAU (YAU) European Urology Focus, 2020 (en anglais seulement)
La vision traditionnelle de la stérilité urinaire a été remise en question par la découverte du microbiome urinaire, c’est-à-dire un mélange de bactéries et de micro-organismes dans les voies urinaires. Cette relation unique entre les microbes et les humains n’est pas encore entièrement comprise, mais a attiré beaucoup d’attention dans la recherche clinique au cours de la dernière décennie. Plusieurs études suggèrent que le microbiome urinaire peut jouer un rôle dans de nombreuses maladies du système urinaire, notamment l’infection des voies urinaires et l’incontinence urinaire d’urgence. On pense qu’avec une meilleure connaissance du microbiote urinaire, les stratégies de prévention peuvent être améliorées ainsi que l’établissement d’un meilleur diagnostic et l’avancement du traitement des troubles courants des voies urinaires inférieures.
Microbiome et microbiote |
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Microbiome : l’ensemble des génomes (matériel génétique) de tous les micro-organismes présents dans un environnement particulier. Les microbiomes sont propres à chaque organisme et la diversité des microbiomes entre les individus est énorme. Microbiote : ensemble des micro-organismes (bactéries, virus et champignons) que l’on trouve dans un environnement spécifique. Fait référence aux bactéries vivant dans le corps humain à la fois de manière symbiotique ou pathologique. Il faut être prudent lorsque l’on parle de l’origine du microbiote, par exemple le microbiote urinaire. |
La vision traditionnelle de la stérilité urinaire a été remise en question par la découverte du microbiome urinaire, c’est-à-dire un mélange de bactéries et de micro-organismes dans les voies urinaires, analogue à la présence reconnue dans l’intestin. Cette relation unique entre les microbes et les humains n’est pas encore entièrement comprise, mais elle a attiré beaucoup d’attention dans la recherche clinique au cours de la dernière décennie. L’ancienne perception de la stérilité urinaire est fondée sur l’absence de bactéries dans les échantillons d’urine à l’aide de protocoles de culture standard. Aujourd’hui, nous savons que les méthodes de culture étaient insuffisantes et ne permettaient pas de détecter les bactéries anaérobies ou à croissance lente. L’une des raisons qui contribuent à l’amélioration de la compréhension et des connaissances sur les micro-organismes est l’amélioration des technologies de détection des bactéries.
Deux améliorations importantes pour cette réalisation sont les suivantes :
L’utilisation du séquençage de l’ADN : un test très sensible pour l’identification des bactéries, sans avoir besoin de culture. Il ne peut pas déterminer si les bactéries sont vivantes ou mortes.
- Amélioration des techniques de culture d’urine, permettant une description plus complète des microbes présents, différenciés entre bactéries vivantes et mortes, dans un protocole de culture quantitative d’urine améliorée (EQUC).
- Les améliorations apportées aux techniques de culture d’urine offrent une alternative qui peut être mise en œuvre immédiatement dans la plupart des laboratoires cliniques. Le séquençage est plus coûteux, mais de plus en plus utilisé en milieu clinique.
Plusieurs études suggèrent que le microbiome urinaire peut jouer un rôle dans de nombreuses maladies du système urinaire, notamment les infections des voies urinaires (IVU) et l’incontinence urinaire d’urgence (IUI).
On pense qu’avec une meilleure connaissance du microbiote urinaire, les stratégies de prévention peuvent être améliorées ainsi que l’établissement d’un meilleur diagnostic et l’avancement du traitement des troubles urinaires inférieurs courants.
Grâce aux méthodes moléculaires les plus avancées disponibles, plusieurs études récentes ont montré l’énorme diversité, la capacité fonctionnelle et la dynamique associée à l’âge du microbiote humain dans les voies urinaires, contribuant à son homéostasie de diverses manières. Le microbiote urinaire peut produire des molécules qui interagissent avec le système nerveux et peuvent jouer un rôle dans la régulation et le maintien des jonctions épithéliales. Il existe également des preuves indiquant que les bactéries vivant normalement dans le corps peuvent créer une barrière dans l’uroépithélium, supplanter les uropathogènes et produire des composés antimicrobiens et/ou dégrader les produits nocifs ! Ainsi, la bactérie peut nous aider à récupérer, sans avoir besoin de médicaments.
Dans le même temps, des études récentes ont montré un lien entre un déséquilibre dans la composition et la fonction du microbiote urinaire et les affections urologiques chroniques, ce qui a contribué à une grande attention et à une meilleure compréhension récente du microbiote urinaire dans la recherche clinique, et à un potentiel pour de nouvelles stratégies thérapeutiques et préventives pour de nombreux troubles.
Cette revue met en évidence le rôle du microbiote urinaire dans la physiopathologie de plusieurs troubles fonctionnels des voies urinaires inférieures (LUT).
Vessie hyperactive (vessie hyperactive) en relation avec le microbiote
L’hyperactivité vésicale (vessie hyperactive) est un symptôme caractérisé par la présence d’une urgence urinaire, généralement accompagnée d’une nycturie et d’une fréquence avec ou sans incontinence urinaire d’urgence (IUI). Il n’y a pas d’étalon-or pour le diagnostic de la vessie hyperactive et le diagnostic se fait principalement par l’examen physique et le journal mictionnel. Une culture d’urine négative est une condition préalable au diagnostic de vessie hyperactive, car une infection des voies urinaires (IVU) doit être exclue.
La découverte du microbiote urinaire soulève la question de savoir si les bactéries qui font partie de la flore naturelle des voies urinaires inférieures peuvent contribuer directement ou indirectement à l’hyperactivité vésicale.
Plusieurs études ont montré des différences significatives entre les microbiomes urinaires des femmes avec et sans insuie. En fonction du microbiote du patient (diversité des micro-organismes, etc.), l’effet des médicaments chez les patients UUI différait. D’un point de vue clinique, la connaissance du microbiote urinaire individuel pourrait ouvrir la voie à des possibilités d’affinement et de personnalisation du traitement de l’IUI. Ainsi, potentiel de prévention et/ou de meilleur traitement de ce trouble.
Syndrome douloureux de la vessie et cystite interstitielle en relation avec le microbiote.
Un autre groupe de patients cliniquement pertinent à cette fin est celui qui souffre du syndrome douloureux de la vessie (SPB) et de la cystite interstitielle (CI). Le BPS/IC était traditionnellement décrit comme une inflammation chronique de la vessie stérile. En fait, bien que les symptômes de cette affection soient similaires à ceux de l’infection urinaire, plusieurs études utilisant des méthodes culturales conventionnelles n’ont pas réussi à identifier un agent infectieux. Cependant, les nouveaux diagnostics moléculaires ont permis de détecter des différences importantes dans le microbiote urinaire.
Des études ont montré moins de diversité microbienne chez les patients atteints de BPS/IC par rapport aux femmes en bonne santé, ainsi qu’une plus grande présence de la bactérie Lactobacillus dans l’urine de ces patients. Lactobacillus est considéré comme pathogène et résistant aux antibiotiques largement utilisés et peut avoir un rôle direct ou indirect dans le développement de cette maladie inflammatoire.
Troubles des voies urinaires inférieures en relation avec le microbiote
Les connaissances détaillées sur les bactéries coexistant avec le corps humain conduiront peut-être à un changement de paradigme thérapeutique. L’objectif principal ne sera plus simplement de tuer les microbes pathogènes avec des antibiotiques. Au lieu de cela, les thérapies évolutives se concentrent sur l’amélioration du rôle des micro-organismes bénéfiques dans l’écosystème urinaire et la restauration de micro-organismes sains dans les voies urinaires inférieures.
Cela peut être particulièrement pertinent pour les patients présentant des symptômes persistants des voies urinaires inférieures (LUTS), dont les cultures d’urine standard ne montrent aucune croissance. Ceci est basé sur les découvertes que certains microbes ont des caractéristiques qui protègent contre les uropathogènes en produisant des antibiotiques et / ou d’autres composés antimicrobiens qui inhibent ou tuent d’autres bactéries pathogènes.
Il est bien connu que le microbiote vaginal et intestinal est capable de changer rapidement de composition microbienne, et ces changements peuvent affecter le microbiote urinaire. On pense également qu’en analysant des biomarqueurs spécifiques (une molécule naturelle permettant d’identifier une maladie) du microbiote urinaire, nous pourrions disposer de nouveaux outils diagnostiques, thérapeutiques et pronostiques pour les LUTS à l’avenir.
Bien que les affections suivantes, le BPS et la cystite interstitielle ainsi que l’UUI et la prostatite, ne soient pas associées à une origine bactérienne, elles ont toutes montré une altération du microbiome et des urotypes dominants spécifiques par rapport à l’urine d’individus sains asymptomatiques. Parallèlement à la compréhension croissante de l’impact du microbiote urinaire sur le développement de ces troubles, nous obtenons des conseils pour une prise en charge et un traitement optimisés.
Conclusions
À l’heure actuelle, nous savons avec certitude que l’urine n’est pas stérile. Les différences observées entre le microbiote urinaire d’individus sains et de patients présentant un dysfonctionnement de la LUT suggèrent qu’une perturbation de la flore bactérienne naturelle peut constituer un facteur évolutif dans plusieurs troubles fonctionnels de la vessie. La découverte du microbiote urinaire aura de profondes implications cliniques dans un avenir proche, avec des implications diagnostiques et thérapeutiques potentielles pour les troubles urinaires.